FC Midtjylland werd opgericht op 2 februari 1999 uit een fusie tussen twee rivaliserende clubs: Ikast FS en Herning Fremad. Het doel van de fusie was simpel: de krachten in de regio bundelen om een club te bouwen die kon wedijveren met de Deense traditionele grootmachten zoals FC Kopenhagen en Brøndby IF.
Dat plan slaagde wonderwel: al in hun eerste jaar promoveerden ze naar de Superligaen (de hoogste klasse), waar ze sindsdien nooit meer uit zijn verdwenen.
Ondanks de korte geschiedenis heeft de club al een indrukwekkende prijzenkast opgebouwd:
- Deens Landskampioen (4x): 2014/15, 2017/18, 2019/20 en 2023/24.
- Deense Bekerwinnaar (DBU Pokalen) (3x): 2018/19, 2021/22 en 2025/26
